Gelir İdaresi Başkanlığına (GİB) yapılan başvurunun ardından sistem üzerinde tanımlanan kullanıcılar, belirlenen standartlarda oluşturulan elektronik faturaları, yine GİB üzerinden iletirler. e-Fatura kullanımında 3 farklı yöntem vardır ve firmalar bu seçeneklerden biriyle ilerleyebilirler:

– GİB Portal
Gelir İdaresi Başkanlığı tarafından sağlanan bir portal üzerinden e-Fatura işlemleri yürütülebilir. Ücretsiz ve en basit yöntem olan GİB Portal, az sayıda fatura gönderip alan kullanıcılar için uygun bir yöntemdir. Ancak fatura sayısı arttıkça sağlanan GİB Portal hizmeti artan ihtiyaçları karşılamakta yetersiz kalacaktır.

• Faturalar otomatik değil de manuel olarak kesilir ve e-Fatura mükelleflerine  GİB üzerinden iletilir.
• Kullanıcılar ayda en fazla 500 adet e-Fatura kesebilir. Bu limit aşılamaz.
• Portaldaki faturalar 6 aylık dönemlerde geriye doğru sistemden silinir. Bu nedenle bu yöntemi kullanan mükellefler faturalar silinmeden kendi sistemlerinde faturalarını indirerek yedeğini almalıdır.

Arama özellikleri yetersizdir. Sadece tarih araması yapılabilir. Bu nedenle de bazen faturalar gözden kaçabilir.

– Entegrasyon
e-Fatura işlemlerini GİB Portal yerine kendi uygulamaları ile yürütmek isteyen kullanıcıların tercih ettiği entegrasyon yöntemi maliyet, iş yükü, onay ve yürütme gibi aşamalarda yorucu kabul edilebilir. Firmalar kendi uygulama ve servislerini geliştirdikten sonra GİB’ den onay almakla işe başlarlar. Bu uygulamanın her an hizmet verebilir olması gerekir. Ayrıca yapılacak sistemsel yatırımlar kadar bu sistemde çalışacak personelin geliştirilmesi ve ayrı bir birimin oluşturulması da beklenir.

• Uygulama ve servis tasarlama adımlarında bazı firmaların hazırladığı uygulamaları lisanslama yöntemiyle satın almak mümkün olsa da sonraki adımlarda mükellef tek başınadır.
• Sistemin 7/24 aktif olarak çalışabilmesi için gerekli personel alanında uzman olmalıdır. Çünkü sistemin aksaması durumunda firma, GİB tarafından fatura gönderememe/alamama cezasıyla karşılaşabilir.
• GİB Portal’ de aylık en fazla 500 e-Fatura kesilebilirken bu yöntemde sınır yoktur.
• Entegrasyon ile firmalar faturalarını kendileri sisteme işleyecekleri için kapalı bir sistemle çalışırlar. Böylece ekstra güvenlik önlemi alma imkanları da mevcuttur.

– Özel Entegratör
Aylık fatura sayısı değişiklik gösterebilen ve zaman zaman çok yüksek sayıda e-Fatura kesebilen firmalar için en pratik yöntem olan özel entegrasyon, aynı zamanda entegrasyona kıyasla en düşük maliyetli yöntemdir. Tedarikçi tarafından herhangi bir formatla gelen faturalar, UBL-TR formatına dönüştürülür ve alıcısına iletilmek üzere GİB’ e aktarılır.

• GİB portalde olduğu gibi e-Fatura limiti yoktur. Büyük miktarlarda faturalar için hizmet sağlandığı için arama motorları da o oranda gelişmiş arama olanakları sağlar Sistemin 7/24 çalışır durumda olması Özel Entegratörün sorumluluğunda olduğu için herhangi bir Bilgi İşlem personeli ya da biriminin bulundurulması gerekmez.
• Yazılım ve donanım için herhangi bir yatırım yapılması gerekmez.
• Fatura verilerinin güvenliği üst düzey olduğu gibi verilere ulaşım da firmaya özeldir.
• Herhangi bir formatta fatura gönderilebilir[1]. Standartlara uygun formata dönüşüm, özel entegratör tarafından sağlanır.
• GİB Portal’e ihtiyaçlara uygun özellikler eklenemezken özel entegrasyon, firmanın ihtiyaçlarına uygun ek özellikler geliştirmeye açıktır.